Dengan perpaduan kurikulum pemerintah dan kurikulum khas pesantren, Pondok Pesantren Almadinatul Fadhilah bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang: Melahirkan generasi muda Islam yang hamilul Quran, beriman dan bertakwa serta berahlak mulia. Kompeten dalam bidang Ilmu Pengetahuan, teknologi, keterampilan peserta didik untuk menjadi ahli ilmu agama Islam (mutafaqqih fiddin), sainstis, dan teknologiwan; Mempunyai keterampilan dan jiwa entrepreuneur sejak dini untuk membangun kehidupan Islami di masyarakat